分子对接

一、准备工作

从uniprot和pubchem中分别获取蛋白和小分子的pdb格式。

二、处理分子并准备对接盒子

1.蛋白质去水、加氢、设为受体

File-Read molecule-protein

Edit-Delete water

Edit-Hydrogens-Add

Grid-Macromolecule-choose-protein-save as .pdbqt

2.小分子加氢

File-Read molecule-mol

Edit-Hydrogens-add

Ligand-input-choose-mol

Ligand-output-save as .pdbqt

3.设置对接Box，导出

Grid-Macromolecule-open-protein-yes

Grid-Set Map Types-open Ligand-mol

更换模型

Grid-Grid Box-调整使蛋白质被包裹-点框-选中mol-勾选将Mouse transforms，apply to “root” object only-将mol拖出-再将框勾上-File-Close Saving Current

4.导出config

Docking-Output-Vina config.txt

三、运行Vina

1.在包含小分子和蛋白的文件夹中，运行cmd

2.输入 vina

3.vina –config config.txt

等待运行完成即可

Step.1对接准备

新建一个文件夹，安装后的vina.exe、vina_split.exe和vina_license.rtf放进文件夹，把转换为pdbqt格式的所有受体和配体也放到文件夹内。

1.1蛋白的pdb文件一定要用autodock打开后去水、加氢，另存为pdbqt（openbabel直接处理后vina会报错）

1.2配体可以用cmd命令：obabel *.sdf -O *.pdbqt -h -xb

（-h代替使用Autodock Tool的加氢，使用-xb代替了设置可旋转键的操作是否正确）（配体名称不可包含宫格）

Step.2准备受体文件和对接口袋

新建第一个txt文本，将此文本命名为conf.txt，其他任何名字均可。

填入对接相关信息。主要是对接口袋的参数。笔者使用的是pymol中一个get-box的插件得到的对接口袋参数。如下所示

receptor = 5vbl_b.pdbqt

center_x= 187.9

center_y= -10.8

center_z= 61.7

size_x = 24.4

size_y = 23.6

size_z = 37.3

num_modes = 9

Step.3准备对接文件

新建第二个txt文本，打开他，复制以下代码

@echo

for %%f in (Conformer3D_*.pdbqt) do (

    echo Processing ligand %%f

    if not exist “%%~nf” mkdir “%%~nf”

    vina –config conf.txt –ligand %%f –out “%%~nf”/out.pdbqt –log “%%~nf”/log.txt)

exit

其中Conformer3D_*.pdbqt是因为我的小分子文件是从PubChem上下载的。他们的开头都是Conform3D_。如配体无通用的开头，可以直接用*.pdbqt。

如第一个txt文件使用了其他的名字。本段代码中的conf.txt也要随之改变。保存后关闭这个文件。将此文件的后缀名由.txt改为.bat。

Step.4运行

双击运行即可开始进行批量对接。且会生成一个个以配体名字为名称的文件夹。里面包含了对接的两个结果log.txt和out.pdbqt。

Step.5查看结果

由于结果文件log.txt分散在各个文件夹内，一个个看比较麻烦，我们同样可以使用批处理生成一个可以查看所有结果的文件。在同一个文件夹中新建一个txt文件，将以下代码复制进去（必须是同时包含结果和.pdbqt的文件夹中，最好就在运行的文件中新建）。

echo final result > final.txt

for %%f in (*.pdbqt) do (

    echo ——————————-reading ligand %%~nf————————————– >> final.txt

    for /f “skip=22 delims=” %%i in (%%~nf/log.txt) do (

       echo %%i   >> final.txt    

))

start notepad final.txt

exit

保存关闭后，同样的将该文件的后缀名由.txt改为.bat。双击运行后即可生成一个名为final.txt的文件，并自动打开以供查看。

Q1.金属的需在gpf和dpf文件添加内容

Answer: parameter_file AD4_parameters.dat    # force field default parameter file